Estructura beowulf

Ha sido implementado satisfactoriamente un cluster en configuración Beowulf.

Sobre plataforma Linux arquitectura x86_64.

Actualmente cuenta con 72 ALU de arquitectura CPU intel Xeon.

Una representación esquemática es mostrada en la figura.

Se ha logrado probar nodos virtualizados sobre Qemu/KVM y sobre un despliegue de memoria compartida usando mpi y compiladores de Intel. Han sido desplegado el gestor de cola Condor y SGE.

1º aplicación en Fortran

Objetivo

A continuación se muestra el proceso para generar una aplicación, escrita para ser compilada con Fortran de GNU.

Detalle aplicación

La aplicación propuesta busca e imprime en la salida estándar los números primos encontrados en los enteros hasta llegar al ingresado por el usuario (no esta optimizada y aunque una aplic. muy sencilla muestra los pasos para implementar un primer código exponiendo la dinámica de trabajo sobre un cluster).

En este ejemplo se utilizaron las siguientes aplicaciones del servidor, de modo que se trabajo con una sesión remota establecida mediante ssh.

Las aplicaciones usadas fueron:

• Editor vi --> para editar el código fuente de la aplicación
• Compilador gfortran --> para generar el ejecutable

Implementación del código

El código se implemento inicialmente para ser compilado con gfortran.
Los archivos generados son:

• Parte principal: primo.serie.f90
• Funcion: funcion.versiprimo.f90

Una ves escrito el código y guardado convenientemente (ambos archivos en el mismo directorio) se compila con el comando gfortran.

Compilación 

En ambiente linux podemos realizarlo con la instrucción:
gfortran -o buscar.primo.serie.x *.f90 

Ejecución

En el siguiente video se muestra la compilación y una primera ejecución a modo de prueba de que todo el proceso funciono y que la aplicación se ejecuta normalmente.

Compiladores actuales

Compiladores

Actualmente en nuestro cluster hay disponibles una serie de compiladores instalados y disponibles, quedan habilitados para su utilización los siguientes:

• Compilador gcc ver. 4.4.6 20120305
• Compilador gfortran basado en gcc ver. 4.4.6 20120305
• Compilador Intel Composer_xe_2013.0.079 ifort ver. 13.0.0
• Compilador Intel Composer_xe_2013.0.079 icc ver. 13.0.0

Conexión mediante ssh

Abrir sesión

El video a continuación muestra como establecer una conexión mediante el protocolo ssh (normalmente utilizado en cluster implementados con sistemas op. del tipo UNIX).

En este ejemplo utilizo un cliente de terminal (Terminal de GNOME ver: 3.4.1.1) en sistema operativo Linux distribución Debian Wheezy. En articulos posteriores mostrare como establecer este mismo tipo de conexión desde Android, Windows y Mac OS.

El protocolo ssh permite conexiones mas seguras, por lo que es actualmente el servicio mas utilizado para establecer sesiones remotas, para realizar tareas sobre diferentes aplicaciones, en artículos posteriores se mostraran otras alternativas de conexión.